بعد ثلاث سنوات من كشف مؤامرة مشروع بابل، تفرّق أعضاء وحدة باتلابور التابعة لكييتشي غوتو. بقي غوتو مع فريق باتلابور، برفقة شينوبو ناغومو، حبيبته ورفيقته. مستغلةً شكوك العامة تجاه قوات الدفاع الذاتي البرية اليابانية، بدأت منظمة إرهابية العمل من داخل الجيش لإحداث دمار واضطرابات مدنية واسعة النطاق في جميع أنحاء اليابان. تكتشف ناغومو أن العقل المدبر وراء هذه المؤامرة الإرهابية المتنامية ليس سوى يوكيهيتو تسوجي، مرشدها وحبيبها السابق. يعيد غوتو تجميع فريقه السابق في باتلابور، بقيادة الطيارة نوا إيزومي. تقود ناغومو الفريق في مهمة لاعتقال تسوجي، وعليها أن تتصالح مع علاقاتها السابقة المعقدة لإنقاذ اليابان.