بعد فوز والدته برحلة مجانية إلى الجزر، ينطلق مدرب البوكيمون ساتوشي وشريكه بيكاتشو إلى جزيرة ميليميلي في منطقة ألوها الخلابة، المليئة بالعديد من البوكيمونات الجديدة، وحتى بنسخ مختلفة من البوكيمونات المألوفة. ينطلق ساتوشي وبيكاتشو بحماس شديد لاستكشاف الجزيرة، لكنهما سرعان ما يضلان طريقهما أثناء مطاردة أحد البوكيمونات. يعثر الثنائي في النهاية على مدرسة البوكيمون، وهي مؤسسة يأتي إليها الطلاب ليتعلموا المزيد عن هذه المخلوقات الرائعة. في المدرسة، عندما يواجه ساتوشي وأحد الطلاب - كاكي الجاد - أشرار فريق سكال، يكتشف ساتوشي القوة الهائلة لحركات Z، وهي هجمات قوية من منطقة ألوها تتطلب تناغمًا تامًا بين المدرب والبوكيمون. في وقت لاحق من تلك الليلة، يلتقي هو وبيكاتشو ببوكيمون الإله الحامي لجزيرة ميليميلي، كابو كوكيكو الغامض. يمنحهم بوكيمون الأسطورة خاتم Z، وهو أداة ضرورية لاستخدام حركات Z. بعد أن انبهر ساتوشي وبيكاتشو بمعركتهما السابقة، وبعد حصولهما على خاتم Z، قررا البقاء في منطقة ألوها لتعلم وإتقان قوة هذه الهجمات الجديدة الجبارة. انضم ساتوشي إلى مدرسة البوكيمون، حيث وجد زملاءً مثل ليلي، التي تعشق البوكيمون لكنها لا تستطيع لمسها، وكاكي، وغيرهم الكثير. وبين حضور الدروس، والتصدي لفريق روكيت المزعج - الذي وصل بدوره إلى ألوها لتمهيد الطريق لخطط منظمته المستقبلية - وخوض تحدي الجزيرة الضروري لإتقان حركات Z، يخوض ساتوشي وبيكاتشو مغامرة جديدة مثيرة.