بعد انتهاء لعبة الواقع الافتراضي MMORPG "العالم" الشهيرة، تُطرح نسخة جديدة منها - العالم R:2 - على الإنترنت. في يومه الأول في اللعبة، يظن اللاعب الجديد هاسيو أنه كوّن صداقات ليشاركها في المهام. لكن، وكأنهم يسخرون من مشاعره، يقتلون شخصيته لمجرد التسلية. لحسن الحظ، ينقذه لاعب غامض ذو ذراع واحدة يُدعى أوفان، يعرض عليه أن يصحبه في جولة حول العالم. يقضي هاسيو عامًا أول رائعًا في اللعبة برفقة أوفان وصديقه رجل الدين شينو. لكن هذه الحياة الهادئة تتبدد عندما يُقتل شينو على يد شخصية مألوفة تُعرف باسم تراي-إيدج، والتي سقط جميع ضحاياها في غيبوبة في العالم الحقيقي. في نوبة غضب، يتعهد هاسيو بالعثور على تراي-إيدج المراوغ وقتله. تجري أحداث .hack//Roots خلال العام الأول لـ Haseo في The World، وتستكشف الصداقات التي بناها Haseo في اللعبة قبل أن يمزقها Tri-Edge.