في العام 74 من العصر الكوني، تقترب الحرب الأهلية المستعرة بين سكان الأرض من فئة "الطبيعيين" وسكان الفضاء من فئة "المنسقين" من نهايتها. بعد تعرضه لهزيمة نكراء، يقود كيرا ياماتو مركبة "سترايك فريدوم غاندام" ويقود سفينة "أركانجل" وطاقمها في محاولة يائسة لتدمير "ريكويم"، وهو سلاح فائق مصمم لإبادة معظم البشر في الكون. يخوض إلى جانب كيرا معركة ضد صديقه المقرب ومنافسه أثرون زالا، وهو طيار ماهر عليه أن يدافع عن نفسه ضد غضب مرؤوسه السابق شين أسوكا، قائد مركبة "ديستني غاندام" القوية. يعتقد شين أن أثرون خائن، وعقبة في طريق مستقبل الكون السلمي. بينما تُشن معارك مصيرية بين بدلات القتال المتنقلة من أجل مصير المجرة، تقترب حرب طاحنة بين بشر عاجزين عن فهم بعضهم البعض من نهايتها.