في الحرب، قاتلت مجموعة من المحاربين تسمى نينكو ضد الجيش الإمبراطوري وكادت أن تقضي عليه. ولكن في النهاية، خسر النينكو وتحطموا. بعد الحرب، أثبت الجيش الإمبراطوري نفسه كمدافع عن الشعب بمساعدة الدعاية. كما تمكنوا من جعل الناس يعتقدون أن النينكو هم الأشرار وأنهم بدأوا الحرب. يبدو فوسوكي كطفل ولكنه القائد السابق لفرقة النينكو الأولى. تم أخذ والدته أثناء الحرب وبعد هزيمة النينكو، ذهب في رحلة للعثور عليها. في رحلته، التقى بآيتشو وتوجي، وكلاهما أيضًا قائدان سابقان للنينكو، وقاتلوا معًا ضد الجيش الإمبراطوري الذي حاول قتل آخر النينكو المتبقين. النينكو هي عشيرة من النينجا المنقرضين الذين يتقنون تقنيات باطنية وقوية، وبالتالي تحاول العديد من المجموعات الأخرى باستمرار سرقة تقنياتهم للاستيلاء على البلاد. هدفهم الأساسي هو فوسوكي، طفل غريب المظهر ولكنه أحد أقوى النينجا النينكو. يجب على فوسوكي، جنبًا إلى جنب مع نينجا نينكو الآخرين ذوي التخصصات المختلفة، محاربة تلك التهديدات التي تسببت في سقوط عشيرة نينكو.