عثر جيوفاني، زعيم فريق روكيت، على ميوتو في منطقة نائية من جوتو. وبينما يحاول جيوفاني استعادة ميوتو، يُختطف آش وأصدقاؤه على يد دومينو، العضو الجديد في فريق روكيت، أثناء محاولتهم إنقاذ بيكاتشو من جيسي وجيمس. كما تُختطف بوكيمونات الاستنساخ وتُستخدم كطعم لميوتو. يتحول الموقف إلى صراع بين إرادة ميوتو وجيوفاني؛ ويحاول ميوتو أيضًا اكتشاف ما إذا كان له وللبوكيمونات المستنسخة غاية في الحياة، رغم كونها نتاجًا للعلم.