القصةُ تتحدث عن البشر بعد فرارهم من كوكب الأرض بسبب هجوم مخلوقات غريبة تسمى غاونا , بعد مغادرتهم إلى الفضاء عبر سفن ضخمة يقوم الغاونا بملاحقتهم , يتطور البشر و يقومون بعدها بمهاجمة الغاونا عن طريق آليات تسمى موريتو , بطل القصة شاب يدعى ناجاتي تانيكازي وطيار يقود احدى آليات الموريتو على متن سفينة تدعى سيدونيا و يدافع عن ركابها من هجمات الغاونا.