مشروع بابل هو مشروع ضخم لتجديد أحياء طوكيو، يشمل إنشاء جزر اصطناعية في الخليج. وباستخدام "العمال"، أو الروبوتات المصممة خصيصًا لأداء مهام محددة، يتمكن المهندسون المعماريون وفرق البناء من إنجاز عملية التجديد بكفاءة أكبر. عندما يُعثر على شخصية محورية في المشروع ميتة بعد انتحارها في ظروف غامضة، تُكلف وحدة شرطة باتلابور التابعة للكابتن كييتشي غوتو بكشف ملابسات هذا الوضع الغريب. مع بدء خروج العديد من العمال عن السيطرة، وتهديد برنامج ذكاء اصطناعي مخترق لسكان طوكيو، تعمل الطيارة الشابة نوا إيزومي وروبوتها باتلابور ألفونس تحت قيادة غوتو لإنقاذ المدينة والبلاد بأسرها من مؤامرة ضخمة ذات طابع ديني.